Центр реабилитации расположен на западе Московской области в лесопарковой зоне на правом берегу Москва-реки.
История поселка сан. им. А. И. Герцена, на территории которого расположен Центр реабилитации, тесно связана с историей расположенного на противоположном берегу Москва-реки села Васильевского.
Первое упоминание о селе Васильевском и прилегающих к нему деревнях относятся к концу XVI века, когда оно было дворцовым селом.
Село Васильевское многократно переходило от одного владельца к другому. В первой четверти XIX века его владельцем стал родовитый помещик И. Я. Яковлев, отец писателя-публициста А. И. Герцена. Здесь Александр Иванович провел детские и юношеские годы в старой барской усадьбе на левом берегу Москва-реки с 1821 по 1828 годы.
Последний владелец села Васильевского князь Александр Григорьевич Щербатов (1850—1915) был известным государственным и общественным деятелем. Много лет он был президентом Императорского общества сельского хозяйства. В 1884 году князь построил в псевдоготическом стиле замок («Охотничий домик»), который и поныне является красивейшим сооружением Центра реабилитации, имеющим значительную историческую и архитектурную ценность.
После смерти князя в 1915 г. его супруга на собственные средства начала строительство в усадьбе у его могилы храма (проект академика Покровского). В настоящее время храм восстановлен и действует.
В 1948 года на базе зданий усадьбы и новых построек открылся санаторий Лечебно-санитарного управления Кремля. В 1979 году Объединённый санаторий имени Герцена реорганизован в Западное зональное управление санаториями 4-го ГУ МЗ СССР.
В начале 1990 года все лечебные учреждения объединены в Центр реабилитации Управления делами Президента РФ.